Одни из первых азербайджанских учёных, поднявших вопрос о стандартизации литературного азербайджанского языка. В 1895 году Кочарлинский опубликовал свою первую статью «Татарские комедии», в 1904 «Письма о нашей литературе». В 1903 году в свет вышел его первый научный труд «Литература азербайджанских татар» (азербайджанскими татарами до Революции было принято называть азербайджанцев), критический обзор работ 130 азербайджанских поэтов и писателей. В последующие годы были изданы более мелкие работы: «Мирза Фатали Ахундов» (1911) и «Подарок детям» (1912). Наряду с этим Кочарлинский занимался переводами произведений русских и европейских авторов на азербайджанский. Его самый крупный труд «Материалы по истории азербайджанской литературы» был опубликован только в 1925 году, уже после смерти учёного. Он являлся наиболее точным и информативным источником по истории и развитию азербайджанской литературы своего времени.