Автор трудов «Армянские народные мифы в «Истории Армении» Мовсеса Хоренаци» (1899), монументальной «Истории древнеармянской литературы» (т. 1-2, 1944-46, рус. пер. 1948) и др. Под редакцией Абегяна опубликован свод вариантов эпоса «Давид Сасунский» (т. 1, 1936; т. 2, 1951). Абегяну принадлежат исследования: «Гусанские народные песни, айрены и антуны», «Народные песенки» (1940) и др. Лингвистические работы Абегяна частично вошли в книгу «Теория армянского языка» (1931). Имя Абегяна присвоено Институту литературы АН Армянской ССР.